Ученые вычислили шесть штаммов вируса гриппа рода А, генетически наиболее близких к пандемическому вирусу свиного гриппа H1N1, сообщает журнал IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.
Исследователи из Университета Огайо проанализировали геномы 5.016 штаммов вирусов гриппа А. Вместо традиционного построения филогенетического древа и поисков гипотетических общих предков, ученые создали информационную сеть по обработке данных об уже известных ранее вирусах. Такая модель позволяет наблюдать рекомбинацию — обмен генами между штамммами, встретившимися в одном организме. При рекомбинации образуются неизвестные ранее штаммы вирусов, обладающие новыми свойствами.
В ходе анализа ученые искали «родственников» вируса, с которого началась пандемия 2009 года (штамм A/California/04/2009). По данным ученых, к пандемии свиного гриппа вело почти 4 тысячи возможных «путей». И 3.600 из них проходили через шесть точек — своего рода, «бутылочные горлышки». «Это как если бы кто-то отметил эти точки красным флажком в знак их необычности», — объясняет один из руководителей исследования, профессор биомедицинской информатики Шахид Бохари (Shahid Bokhari). «Бутылочными горлышками» оказались 6 штаммов: 4 штамма вируса H1N2, выделенных от свиней в Китае и Гонконге с 2005 по 2007 год, и 2 штамма H1N1, выделенных от свиней в Канзасе в 2007 году и от сотрудника свинофермы в Айове в 2005 году. Все 6 штаммов рекомбинировали с гонконгским штаммом H1N1, выделенным перед появлением печально известного вируса свиного гриппа.
Ученые надеются, что исследования обнаруженных штаммов позволят предупредить следующую эпидемию гриппа мировых масштабов.
Пандемия свиного гриппа, начавшись весной 2009 года, прошла по всему миру и унесла жизни почти 18 тысяч человек.
Комментарии